O Conselho Científico é o órgão responsável pela orientação da política científica a prosseguir nos domínios do ensino, da investigação e da extensão cultural do IUCS - CESPU.
O Conselho Pedagógico é o órgão que estuda e aprecia as orientações, métodos, atos e resultados das atividades de ensino e aprendizagem, no sentido de ser garantido o bom funcionamento dos cursos ministrados no IUCS - CESPU.